Црквата е изградена во 1848 година година со доброволни прилози од дојранските верници. Главен архитект бил Ѓорѓе Новаков од велешкото 

село Папрадиште.Требала да им служи на сите дојрански христијани, но место тоа, станала јаболко на раздорот. По самата изградба, турскиот султан

со указ ја дава на користење на грчките попови, односно на грчката патријаршија. Бидејки дојранските верници не го разбирале грчкиот јазик побарале од султанот да им ја даде на управа ним, односно богослужбата да се врши на словенски јазик. Султанот гледајки ја желбата на 2/3 од христијанските семејства во Дојран, со посебен указ црквата ја дава на Егзархијата како бугарска црква. Бугарскиот јазик како словенски јазик бил поразбирлив и поприфатлив за верниците, но не било реткост поповите богослужбите да ги служат и на македонски јазик. Губејки ја црквата, грчката патријаршија за потребите на своите верници, западно од таа црква, преку рекичката, изградиле нова црква „Св. Ѓорѓи“ во 1911 година која меѓу народот се нарекува „Грчка црква". Духовната поделеност на дојранчани ке живее се до рушењето на градот за време на Првата светска војна поточно до 1916 година, кога и црквата е комплетно разрушена.Со горењето на црквата изгорел голем дел покуќнина и богатство на дојранчани. Црквата Св. Илија со својата должина од 30 метри, широчина од 20 метри и висина од 10 метри

претставува вистинска архитектонска убавица на овие простори во Македонија. Со своите 600 м2 внатрешен простор и на два спрата можела да собере околу 600 верници. Градителите ја удостоиле со „акустични" стомни кои се гледаат во самите ѕидови од црквата, симетрично подредени како по висина така и по должина.